中心采用学校领导下的主任负责制，由中心主任领衔的“中心建设与教学指导委员会”全面负责中心的建设、发展和运行，组成“学校----相关院系----中心”的三级管理体系，在服务于本科生教学、研究生科研的同时，实现了校内院系、校外单位、社会个人和国外机构的虚拟仿真实验资源共享体系。中心设主任一名，全面负责虚拟仿真教学实验中心教学研究和改革、仿真实验课程建设、仿真实验中心建设和技术队伍建设等，设副主任两名，分管各项事务等。
在虚拟实验课程建设上主要通过两条途径整合拓展虚拟实验项目。一是突出虚拟仿真实验教学中心的功能定位，建立虚拟实验教学研发团队，由实验教师和技术人员与学科相关课程负责人统一制定虚拟实验教学的整体方案和负责实施。二是为了进一步提升虚拟仿真实验教学内涵建设水平，中心充分利用学校国家级和市级重点学科建设成果，开发仿真教学仪器和虚拟实验教学软件，使我校的虚拟实验教学工作贯穿学生实验技能操作训练和创新思维的培养。