中心制定了一系列虚拟仿真实验教学管理制度，进一步制定或修订了以下各项规章制度和管理规范，以保证虚拟仿真教学在正常轨道上运行。
(1)统筹管理
中心围绕工程创新人才培养的实际需要，整合学校优势学科专业的教学科研资源，遵循“统筹规划、资源整合、开放共享”的原则，联合国内外先进仿真系统研发企业，提升虚拟仿真实验教学平台的建设水平。
(2)规范教学
中心实验教学规范化，组织教师统一制订与完善虚拟仿真实验教学计划和实验课程大纲，统一分配工作任务，统一资源配置。
(3)远程及信息化
中心提高虚拟仿真实验教学的管理效率，加强信息化建设，开发了虚拟仿真实验教学网络化智能管理信息系统。
(4)制定日常虚拟实验中心管理规范和制度
管理规范：提高虚拟仿真实验教学中心科学化、人性化管理，使中心的高效的可持续发展及运行。制定了《复旦大学环境科学虚拟仿真实验教学中心管理规范》《复旦大学环境科学虚拟仿真实验教学中心安全规范》。
教学规范：为提高教学质量，推进教学方式方法的创新，强化教育队伍教学能力，制定《复旦大学环境科学虚拟仿真实验教学中心教学管理规范》，《复旦大学环境科学虚拟仿真实验教学中心教学辅助人员及技术人员岗位职责规范》。
硬件平台管理规范：为维护中心硬件平台，稳步发展，提高使用效率，规范使用人员操作等，制定了《复旦大学环境科学虚拟仿真中心硬件平台管理规范》、《复旦大学环境科学虚拟仿真实验教学中心大型仪器对外服务实施规范与办法》。
软件平台管理规范：为完善仿真软件平台，稳步发展，落实新软件平台的开发成果，提高研发效率，规范使用人员操作等，制定了《复旦大学环境科学虚拟仿真平台管理规范》、《复旦大学环境科学虚拟仿真实验教学中心使用规范》。
资金使用制度：建立健全资金审查制度，强化学校企业之间的资金调动高效透明，制定了《复旦大学环境科学虚拟仿真平台校企合作资金管理办法》。
上述制度和规范，为保证虚拟仿真中心工作持续、稳步推行起到积极的作用。