中心将秉持共享开放的态度，首先依托国家品牌，积极与国家虚拟仿真实验教学共享平台对接，积极申请生态环境类虚拟仿真项目，将本中心近3年内的虚拟仿真教学软件和成果不断推向兄弟院校和社会。中心将进一步加强对现有实验室的硬件条件建设，扩大虚拟仿真教学规模与效益，注重仿真设备的科学管理和使用效率，使之更好地适合现代教学的需要。进一步总结近年来开放虚拟仿真实验室的运行经验，完善开放实验室基金的使用和管理，广泛开发开放实验室的课题来源，发挥其在人才培养中的作用。进一步提高实验教学和实验室管理的信息化水平，充分利用现有现代仪器设备资源，完善多层次教学仪器资源共享体系，为全校各个层次的实验教学提供更为优质的服务和技术保障。
中心目前已经有一套初具规模的计算中心，但对于更大规模和精度的研究需要更先进的设备。因此计划通过建设，升级现有的计算中心，使其能够满足将来5～10年内学科虚拟仿真的需求。另外，环境科学虚拟仿真实验教学中心与现有的物理教学实验中心，化学教学实验中心和生物教学实验中心实现进一步的资源共享，联合全国高校相关环境院系，实现共建共享。从虚拟仿真实验项目共享范围与建设同步、校内外共享同步、底层开发平台的开放和共享、虚拟仿真实验教学管理资源的共享等四个方面建设完善中心虚拟仿真实验资源的网络共享平台。
结合我校学科发展与科学研究的优势，中心计划在未来3年实现新增至少2个面向对象的虚拟仿真实验平台，初步设计为“重大环境突发事故应急虚拟仿真平台”和“区域生态风险累积效应虚拟仿真平台”；增加20-30个虚拟仿真实验项目，在未来三年每年开发10-15个虚拟仿真实验项目，其中包含4-5个跨平台的环境综合虚拟仿真实验。
建设完成后，复旦大学国家级环境科学虚拟仿真实验教学中心将成为一个多学科融合、网络共享的环境科学虚拟仿真综合实验基地，打造从专业基础实验到专业技能训练，再到学科交叉综合虚拟仿真创新实践的多层次、开放式实验教学体系，在虚拟仿真实验资源的开发、共享和管理，环境科学实验教学模式的创新等方面起到示范作用。